Una duda común es si una mujer joven debe correr el riesgo de quedarse embarazada. Actualmente no existe en absoluto una razón de por qué una mujer con Lupus no deba quedarse embarazada, a menos que tenga daño moderado o severo en algún órgano (por ejemplo en el sistema nervioso central, riñones o corazón y pulmones), ya que la pondría en alto riesgo. Sin embargo, existe un riesgo aumentado de reactivación de la enfermedad durante o inmediatamente después (3 a 4 semanas) del embarazo. Si se monitorea cuidadosamente el transcurso del embarazo, el riesgo es mucho menor. Una paciente con Lupus debe ser tratada de forma conjunta y frecuente por su obstetra y su médico especialista.
No obstante, existe un grupo de pacientes que presenta una afección llamada síndrome antifosfolípido (puede ser primario y/o secundario al Lupus), que puede complicar el embarazo en estos pacientes. Estas personas tienen anticuerpos antifosfolípidos, que como su nombre indica, actúan contra las proteínas de unión a fosfolípidos. Esto hace que puedan ocurrir trombos venosos o arteriales. Estos anticuerpos se pueden encontrar en muchos pacientes con Lupus y representan un riesgo en las mujeres embarazadas, ya que se asocian con aborto si el médico no da un tratamiento oportuno y eficaz.